Soruşturma makamları, emekli albay Armağan’a 25 Mart 2009'da helikopterin kaza kırıma uğradığı saat diliminde Malatya Erhaç Havalimanı’ndan havalanan F-4 savaş uçaklarının uçuş kayıtlarını göstererek sorular yöneltti. Kayıtlarda; olay günü "D721" çağrı adlı "HH721" iz numaralı 14.26-15.41 saatleri arasındaki uçuşta Ali Armağan ve Ahmet Turhan'ın, "D720" çağrı adlı "HH720" iz numaralı 10.30-12.12 saatleri arasındaki uçuşta ise Ali Armağan ve Nihat Biçer'in yer aldığı belirtildi.
"Benim yaptığım uçuş geri hizmet uçuşudur"
Kahramanmaraş semalarında F-16 pilotlarıyla uçuş gerçekleştirmediğini ileri süren Ali Armağan, helikopterin düştüğü esnada Sivas üzerinde önleme görevini icra ettiğini dile getirerek Genelkurmay Başkanlığı tarafından gönderilen verilerin hatalı olduğunu iddia etti.
Soruşturma aşamasında F-16 pilotları Sedat Kılıçaslan ve Tezcan Kaymaz ile Kahramanmaraş üzerinde TAKSAN uçuşu yapıp yapmadığı yönündeki soruya yanıt veren Armağan, "Benim yaptığım uçuş geri hizmet uçuşudur. TAKSAN uçuşunda bulunmadım." şeklinde savunma yaptı.
Sorguda, komutasındaki F-4 uçağının uçuş esnasında belirli sürelerle radardan çıkması da sorulan Armağan, durumu şu sözlerle açıkladı:
"Bana gösterilmiş olan uçuşta F-4'ün 4 dakika radardan kaybolma sebebi, radarın tespit edemeyeceği düşük irtifada uçmasıdır. Radarın, bölgenin yapısına göre uçağı görüp göremeyeceği değişir. Uçuş yapılan yer dağlık ise radar görüntüleyemez."
"Hat bana ait değildir"
FETÖ'nün sözde TSK imamı firari Adil Öksüz'ün kullandığı telefon hattı ile 21 Şubat 2012-10 Şubat 2014 tarihleri arasında tam 152 kez iletişim sağladığı belirlenen ve sonu "...05 50" ile biten operasyonel hat da emekli albayın sorgusunda öne çıkan başlıklar arasında yer aldı. İlgili hattın kendisine ait olup olmadığı sorulan şüpheli Armağan, "Hat bana ait değildir. Kimin kullandığını veya kullanılıp kullanılmadığını hatırlamıyorum." iddiasını öne sürdü.
"Adil Öksüz ve Kemal Batmaz ile bir irtibatım yoktur"
Soruşturma birimlerinin "Adil Öksüz ve Kemal Batmaz'ı tanıyor musun?" sorusu üzerine şüpheli Ali Armağan, mahrem yapıyla bir bağının bulunmadığını savunarak şu ifadeleri kullandı:
"Kemal Batmaz'ı daha önce yargılanmış olduğum dosyadaki iddialardan ve 15 Temmuz süreci sonrası basında çıkan haberlerden biliyorum. Yoksa benim FETÖ'nün mahrem imamlarından olan Adil Öksüz ve Kemal Batmaz ile bir irtibatım yoktur. Bana bu şekilde iddialarda bulunulmasının sebebi kendime ait telefonum ile eşimin kullandığı telefonun aynı yerden baz vermesinden kaynaklıdır."
Eşinin parmak izi Adil Öksüz'ün evindeki kitapta çıktı
Soruşturma kapsamında ifadesine başvurulan şüpheli Şerife Armağan'a ise firari Adil Öksüz'ün Sakarya'daki ikametinde yapılan aramalarda ele geçirilen ve örgüt elebaşı Fetullah Gülen tarafından imzalanmış olan bir kitapta parmak izinin bulunması soruldu. Şerife Armağan, söz konusu tespite ilişkin, "Şahsın ne iş yaptığını bilmem. İrtibatım söz konusu değildir." yanıtını verdi.
Şerife Armağan ayrıca, evlerinde yapılan aramalarda el konulan çeşitli notlar, isim listeleri, telefon numaraları ve IBAN bilgilerine yönelik soruları da yanıtladı. Bu notların kendisiyle bir ilgisi olmadığını ve üzerinde isimleri yazılı olan şahısları tanımadığını ileri süren Armağan, ele geçirilen belgeler arasındaki "2004 yılı Hava Harp Akademisi giriş sınavını kazanan subaylar" başlıklı dökümanın ise eşi Ali Armağan'a ait olduğunu kaydetti.
